Το Δίκτυο 21 αναγνωρίστηκε ως αστική μη κερδοσκοπική εταιρεία με την 4772/1997 απόφαση του Μονομελούς Πρωτοδικείου Αθηνών, καταχωρημένη στα βιβλία του Πρωτοδικείου Αθηνών με αύξοντα αριθμό 21708/9.3.1998.
Από την αρχή ώς το τέλος των ιδρυτικών κειμένων του, συχνά πυκνά διακηρύσσεται η πίστη και η προσήλωση στις βασικές αρχές του δημοκρατικού πολιτεύματος. Εντούτοις η οργάνωση ήταν δομημένη σε συγκεντρωτική αυταρχική δομή, με πολλά στεγανά και αδιαφανή σημεία. Στο καταστατικό της αναφέρεται ότι οργανωτικά αποτελείται από «κόμβους» εσωτερικούς και εξωτερικούς. Ως εξωτερικοί κόμβοι θεωρούνταν οι σύνδεσμοι (πρόσωπα ή ομάδες προσώπων) με άλλες οργανώσεις που είχαν κοινούς προβληματισμούς και δράση με το Δίκτυο 21 και με τις οποίες εκείνο θα μπορούσε να συνεργάζεται. Ως εσωτερικοί κόμβοι θεωρούνταν τα φυσικά πρόσωπα που είχαν προσχωρήσει στο Δίκτυο, οι ομάδες προσώπων που ανήκαν στο Δίκτυο και οι άτυπες ομάδες ή συνεργαζόμενες οργανώσεις που δεν ανήκαν στο Δίκτυο αλλά ήταν κοντά σ’ αυτό.
Τα μέλη του χωρίζονταν σε τέσσερις κατηγορίες: ιδρυτικά, αναπληρωματικά, αντεπιστέλλοντα και τιμητικά. Μέλη του Δικτύου δεν μπορούσαν να είναι βουλευτές ή υπουργοί. Από τους αιρετούς, μέλη του μπορούσαν να γίνουν μόνο οι εκπρόσωποι του Α’ βαθμού τοπικής αυτοδιοίκησης και οι συνδικαλιστές. Κάθε ομάδα του Δικτύου ήταν – θεωρητικά μόνο – αυτόνομη και λειτουργούσε ως αστική μη κερδοσκοπική εταιρεία με δικό της καταστατικό. Για να είναι όμως ομάδα του Δικτύου 21 έπρεπε να αποδέχεται τις αρχές του οι οποίες εκπορεύονταν από αυτούς που έφτιαξαν το Δίκτυο και συγκροτούσαν την κεντρική του ομάδα. Οι ομάδες του Δικτύου ήταν κλειστές. Μπορούσαν να έχουν από 15 έως 40 ιδρυτικά μέλη. Δίπλα σε αυτά τα μέλη έπρεπε να υπάρχει και ένας αριθμός αναπληρωματικών μελών.
Πάνω από τις ομάδες του Δικτύου υπήρχε η Κεντρική Ομάδα 21 (αυτή δηλαδή που ίδρυσε το Δίκτυο) η οποία είχε, καταστατικά, τη δυνατότητα να αυξήσει τη σύνθεσή της το πολύ σε 81 μέλη. Το καταστατικό προέβλεπε και μια σειρά από άλλα όργανα, όπως τη σύγκληση συνεδρίων, τη συγκρότηση αντιπροσωπευτικής επιτροπής με την ονομασία Κοινόν, τη συγκρότηση Εκτελεστικής Επιτροπής από τα μέλη της Κεντρικής Ομάδας, τη συγκρότηση Τιμητικής Γερουσίας κ.λπ. Δεν έχει, όμως, γίνει γνωστό τι απ’ όλα αυτά συγκροτήθηκε και πότε. Κατά πάσα πιθανότητα το Δίκτυο 21 έμεινε σε πολύ χαμηλά οργανωτικά επίπεδα καθότι ποτέ δεν κατάφερε να αποκτήσει τα χαρακτηριστικά μιας μαζικής οργάνωσης.