Στις 23 Μαρτίου 1821 ο Πατριάρχης Γρηγόριος Ε΄ αφόρισε τον Αλέξανδρο Υψηλάντη και την Επανάσταση. Στις 10 Απριλίου όμως απαγχονίστηκε στο πλαίσιο αντιποίνων κατά της εξέγερσης. Τι ήταν εν τέλει ο συγκεκριμένος Πατριάρχης;
Οι πιο άτεγκτες απόψεις βλέπουν στη συμπεριφορά του Γρηγορίου να αντανακλάται ο συντηρητισμός της Εκκλησίας και η υποταγή του πατριαρχικού θεσμού στα κελεύσματα του Σουλτάνου. Ο Βασίλης Κρεμμυδάς λέει χαρακτηριστικά ότι η ιδεολογία της Εκκλησίας ήταν αντεπαναστατική. «Στην Εγκύκλιο του Μαρτίου του 1821 ο Γρηγόριος ισχυρίστηκε ότι οι επί γης εξουσίες, οι βασιλείες, είναι θεόπεμπτες και όποιος οργανώνει ανταρσία εναντίον τους διαπράττει μέγιστο αμάρτημα, είναι σαν να κινείται εναντίον του Θεού και γι΄ αυτό η Εκκλησία τον αφορίζει και τον καταδικάζει σε αιώνια τιμωρία- και τον Σουλτάνο ο Θεός τον έστειλε και οι έλληνες επαναστάτες διέπρατταν το ίδιο αμάρτημα». Για όσους μάλιστα ισχυρίστηκαν ότι ο Γρηγόριος Ε΄ εξαναγκάστηκε να εκδώσει αυτή την Εγκύκλιο, ο ίδιος ιστορικός θυμίζει ότι «υπάρχει άλλη Εγκύκλιος, του ίδιου Πατριάρχη, το 1797, με το ίδιο ιδεολογικό περιεχόμενο».
Ο Βασίλης Παναγιωτόπουλος είναι στο σημείο αυτό πιο μετριοπαθής. «Ως εκπρόσωπος ενός θεσμού της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας και υπεύθυνος για τη νομιμοφροσύνη των υπόδουλων Ελλήνων, ήταν καταδικασμένος να… καταδικάσει την Επανάσταση, πράγμα που ήταν αναμενόμενο και με αυτή την έννοια αποδεκτό. Γι΄ αυτό και ο αφορισμός δεν έπαιξε ρόλο στον Αγώνα. Από την άλλη, η έρευνα έχει αποδείξει ότι και ο ίδιος και το περιβάλλον του ήσαν κοινωνοί του “μυστικού”. Γνώριζαν ότι εξελίσσεται μια συνωμοσία για μια εξέγερση, όμως ούτε την κατέδωσαν ούτε προχώρησαν σε ενέργειες για να την αποτρέψουν. Ο ρόλος του λοιπόν δεν ήταν αποκλειστικά καλός ή κακός. Και ο απαγχονισμός του ενθάρρυνε την εμπλοκή της Ρωσίας, η οποία θεώρησε ότι παραβιάστηκε η ρωσοτουρκική συνθήκη και στράφηκε στην υπεράσπιση των ορθόδοξων πληθυσμών».
