Aπόφαση για τον τρόπο με τον οποίο θα ελεγχθούν οι παραγραφόμενες φορολογικές υποθέσεις υπέγραψε ο γενικός γραμματέας Εσόδων Χάρης Θεοχάρης. Με την απόφαση αυτή ορίζονται τα κριτήρια, βάση των οποίων
θα ελεγχθούν οι ανέλεγκτες φορολογικές υποθέσεις των οποίων επίκειται ο χρόνος παραγραφής .
Συγκεκριμένα διευκρινίζεται ότι η επιλογή των υποθέσεων που θα ελεγχθούν κατά προτεραιότητα θα γίνει με βάση τα κριτήρια ανάλυσης κινδύνου, τα οποία έχουν προσδιορισθεί με παλαιότερες αποφάσεις του υπουργείου Οικονομικών και αφορούν αφορούν μεταξύ άλλων το είδος της επιχείρησης, το ύψος των ακαθάριστων εσόδων, την περιοχή που δραστηριοποιείται, τη φορολογική συμπεριφορά της κ.ά.
Επιπλέον σύμφωνα με την απόφαση θα επιλεγεί και ένα επιπλέον δείγμα υποθέσεων προς έλεγχο ,που θα αντιστοιχεί στο 20% του συνόλου των υποθέσεων, από τον προϊστάμενο της κάθε ελεγκτικής υπηρεσίας, με βάση επιβαρυντικά στοιχεία για την επιχείρηση.
Ο αριθμός των υποθέσεων που θα σταλεί σε κάθε Ελεγκτική Υπηρεσία συμπεριλαμβανομένων και των Διαπεριφερειακά Ελεγκτικά Κέντρα (ΔΕΚ) Αθηνών και Θεσσαλονίκης, θα είναι ανάλογος με τον αριθμό των πραγματικά υπηρετούντων ελεγκτών. Προβλέπονται συγκεκριμένα πέντε υποθέσεις ανά ελεγκτή ενώ μία υπόθεση επιπλέον υπόθεση θα αναθέσει σε κάθε ελεγκτή ο προϊστάμενος της υπηρεσίας.
Η απόφαση του υπουργείου Οικονομικών ορίζει ακόμα ότι για τις παραγραφόμενες υποθέσεις που έχουν εκδοθεί εντολές ελέγχου και ήδη έχει γίνει έναρξη του ελέγχου, ο έλεγχος αυτός θα ολοκληρωθεί υποχρεωτικά ενώ από το Κέντρο Ελέγχου Φορολογούμενων Μεγάλου Πλούτου θα ελεγχθούν όλες οι υποθέσεις των ειδικών συνεργείων που ανατέθηκαν με αποφάσεις του υφυπουργού Οικονομικών στο των Διαπεριφερειακό Ελεγκτικό Κέντρο Αθηνών. Μάλιστα σε κάθε ελεγκτή του Κέντρου Ελέγχου Φορολογουμένων Μεγάλου Πλούτου θα ανατεθούν προς έλεγχο τρεις υποθέσεις Φυσικών
Προσώπων οι οποίες επιλέγονται με κριτήρια ανάλυσης κινδύνου.
Τέλος , προβλέπεται ότι υποχρεωτικά, θα διενεργηθεί ο έλεγχος σε επιχειρήσεις για τα οικονομικά έτη 2004 και 2005, για την ανάκτηση κρατικών ενισχύσεων ενώ σε επιχειρήσεις στις οποίες έχει γίνει ολική ανάκτηση των ενισχύσεων θα διενεργηθεί επανυπολογισμός των τόκων.
