Αρκετοί είναι αυτοί που όταν ακούν τον Ιερώνυμο ή κάποιον άλλον ιεράρχη να εξαπολύει επίθεση στην κυβέρνηση ή στους πολιτικούς λένε ότι «ακολουθεί τα χνάρια του Χριστόδουλου». Ισως δεν έχουν άδικο.
Τα «πύρινα» κηρύγματα του αρχιεπισκόπου Χριστόδουλου για θέματα πολιτικά, εθνικά αποτέλεσαν σήμα κατατεθέν του. Συχνά ο λόγος του θύμιζε ομιλία πολιτικού παρά τον ήπιο λόγο ιεράρχη. Οποτε έβρισκε ευκαιρία, από άμβωνος, σε συνέδρια, εκδηλώσεις διατύπωνε τις απόψεις του με το γνωστό τρεμούλιασμα της φωνής από το πάθος και τη συγκινησιακή φόρτιση. Είχε παρέμβει ακόμη και για το Κυπριακό, σημειώνοντας πως μια «μη λύση είναι καλύτερη από μια κακή λύση».
Οι συγκρούσεις του με κυβερνήσεις και πολιτικούς σημάδεψαν τη θητεία του στο τιμόνι της Εκκλησίας. Πολλές φορές μητροπολίτες τον συμβούλευαν να είναι πιο συμβιβαστικός. Αυτός όμως έλεγε «είστε ηττοπαθείς». Αποκορύφωμα των αντιπαραθέσεων το θέμα των ταυτοτήτων το 2000. Η κυβέρνηση Σημίτη είχε αποφασίσει την αφαίρεση του θρησκεύματος από τις αστυνομικές ταυτότητες. Η Ιεραρχία αντέδρασε με τη διοργάνωση λαοσυνάξεων στο Σύνταγμα και στη Θεσσαλονίκη. Η σκηνή με τον Χριστόδουλο στη λαοσύναξη να σηκώνει το λάβαρο της Αγίας Λαύρας έχει μείνει στην Ιστορία. Ακολούθησε η συλλογή υπογραφών στους ναούς κατά της αφαίρεσης του θρησκεύματος με αίτημα να διενεργηθεί δημοψήφισμα.
«ΟΙ ΚΑΤΑΣΤΑΣΕΙΣ ΑΛΛΑΖΟΥΝ». Δεν είχε κρύψει τη συμπάθειά του προς τη ΝΔ. Το 2004 στην πρώτη του συνάντηση με τον πρωθυπουργό Κώστα Καραμανλή μετά τη νίκη της ΝΔ είχε πει «οι καταστάσεις αλλάζουν. Δόξα σοι ο Θεός», θέλοντας να δείξει ότι είχε τέσσερα χρόνια να συναντηθεί με τον πρωθυπουργό Κώστα Σημίτη. Πολιτική παρέμβαση του είχε αποδοθεί σ’ ένα κήρυγμά του την ίδια περίοδο: «Ενθαρρυνόμαστε κάθε φορά που βλέπουμε τη Δεξιά του Κυρίου να δίδει κατευθύνσεις». Αντίθετα, για τον Συνασπισμό τον Μάιο του 2007 είχε πει: «Είστε μια ελάχιστη μειοψηφία, του 2%-3%, και δεν μπορείτε να επιβάλλεστε στο 98% του ελληνικού λαού».
