Λίγο αργότερα η συζήτηση πήγε στην Εκκλησία, με αφορμή τη συνάντηση του αναπληρωτή υπουργού με τον Αρχιεπίσκοπο Θυατείρων και Μεγάλης Βρετανίας Γρηγόριο. Υπάρχει κόντρα Εκκλησίας – ΣΥΡΙΖΑ; Ο Γιώργος Κατρούγκαλος επιλέγει να απαντήσει ανατρέχοντας στην Ιστορία: «Η Αριστερά δεν ήταν ποτέ αντικληρικαλιστική στην Ελλάδα, διότι ποτέ το σύνολο της Εκκλησίας δεν ήταν απέναντι στην Αριστερά. Στους Μαυροσκούφηδες του Αρη ήταν ο παπα-Ανυπόμονος. Εχουμε 168 περιπτώσεις παπάδων που πήγαν με το ΕΑΜ και εκτελέστηκαν. Το ΕΑΜ στην Κυβέρνηση του Βουνού στις Κορυσχάδες επέλεξε να καλέσει τους τρεις μητροπολίτες που ήταν φιλικοί προς αυτό για να τελέσουν αγιασμό. Θεωρώ ότι η Εκκλησία μπορεί να είναι ένα εργαλείο ήπιας διπλωματίας, από τα σημαντικότερα που έχουμε».
Πετυχημένος ο Φίλης. Και τότε ο Νίκος Φίλης γιατί δεν είναι πια στο υπουργείο Παιδείας; «Εγώ τον κ. Φίλη τον θεωρώ πολύ πετυχημένο υπουργό. Επί της ουσίας η στάση μας δεν είναι διαφορετική. Ο ίδιος ο Πρωθυπουργός τον Ιούλιο είχε εξαγγείλει ότι είναι προγραμματική μας δέσμευση η προώθηση των διακριτών ρόλων Κράτους και Εκκλησίας. Πρέπει να έχουμε μια θρησκευτική ουδετερότητα πολύ πιο τονισμένη από αυτή του άρθρου 3. Αυτό όμως πρέπει να συμβεί με όρους συναινετικούς και χωρίς τεχνητές πολώσεις. Δεν είναι η αντίθεση με την Εκκλησία η κεντρική σύγκρουση, ούτε καν μπορεί να το διανοηθεί κανείς αυτή τη στιγμή στη χώρα» τόνισε ο Κατρούγκαλος, αφήνοντας αιχμές για τον τρόπο με τον οποίο ο πρώην υπουργός Παιδείας επέλεξε να χειριστεί το θέμα επικοινωνιακά.
