Βαραίνει το κλίμα μεταξύ των πρυτάνεων και του υπουργείου Παιδείας, καθώς η Σύνοδος των Πρυτάνεων εμμένει στην αντίθεσή της με βασικές διατάξεις του σχεδίου νόμου. Ιδιαίτερα, όπως αναφέρεται στην ανακοίνωση της ολοκλήρωσης της Εκτακτης Συνόδου Πρυτάνεων, αντιτίθεται στις διατάξεις που αφορούν μεταξύ άλλων το άσυλο, την ανάδειξη των οργάνων διοίκησης των πανεπιστημίων, τις μεταπτυχιακές σπουδές, την ίδρυση Πανεπιστημίου με τη μέθοδο συγχώνευσης ΤΕΙ, καθώς και την εκλογή καθηγητών με κλειστές διαδικασίες.