Η αντίδραση της Εκκλησίας για το Σκοπιανό δεν αποτελεί έκπληξη. Αρκετοί ήταν αυτοί που παραξενεύτηκαν με την ανακοίνωση της Διαρκούς Ιεράς Συνόδου αλλά και με την τοποθέτηση του Αρχιεπισκόπου Ιερώνυμου. Όμως δεν είναι η πρώτη φορά που η ΔΙΣ αντιδρά για το θέμα.
Επιπλέον ο Ιερώνυμος δεν έχει δώσει δείγματα γραφής ότι η Εκκλησία δεν θα παρεμβαίνει δημοσίως για τέτοια ζητήματα. Κάθε άλλο. Μπορεί να εχει τεράστιες διαφορές ύφους και στυλ σε σύγκριση με τον προκάτοχό του Χριστόδουλο, ωστόσο θεωρεί όπως και η συντριπτική πλειονότητα της κατά βάση συντηρητικής Ιεραρχίας ότι η Εκκλησία έχει δικαίωμα να μιλάει για θέματα που αγγίζουν την κοινωνία ή έχουν σχέση με την ιστορία και τις παραδόσεις της Ελλάδας.
Ποιες είναι οι παλαιότερες αντιδράσεις της Ιεραρχίας για το Σκοπιανό; Τον Δεκέμβριο του 2004 η Ιερά Σύνοδος είχε αποφασίσει να στείλει επιστολές στους αρχηγούς των κρατών της Ευρωπαϊκής Ένωσης και των εκκλησιαστικών αρχών προκειμένου να διαμαρτυρηθεί στην εξαγγελία των ΗΠΑ ότι θα αναγνωρίσουν την FYROM με το συνταγματικό της όνομα. Μάλιστα, στο ανακοινωθέν τόνιζε πως «αποτελεί δικαίωμα αλλά και καθήκον της Εκκλησίας να έχει λόγο για μεγάλης σημασίας εθνικά θέματα, όπως και η μακραίωνη ιστορία της Ελλάδος διδάσκει». Αυτά επί Αρχιεπισκόπου Χριστόδουλου.
Αλλά και επί Ιερώνυμου τον Ιούλιο του 2013 υπήρξε αντίδραση για μία πρόκληση των Σκοπίων. Στη συνεδρίαση 14ης Γενικής Συνελεύσεως του Συμβουλίου Ευρωπαϊκών Εκκλησιών στην Πράγα, ο Γενικός Γραμματέας του Συμβουλίου παρουσίασε έναν Χάρτη με την αναπαράσταση της Ευρώπης. Από τον Χάρτη αυτόν είχε εξαιρεθεί η Κύπρος και το κράτος της FYROM εκαλείτο Μακεδονία. Τότε ο μητροπολίτης Μεσσηνίας Χρυσόστομος, επικεφαλής της αντιπροσωπείας της Εκκλησίας της Ελλάδος κατέθεσε από κοινού με τον Αρχιεπίσκοπο Κύπρου δήλωση διαμαρτυρίας για το γεγονός και εξέφρασε την δυσαρέσκεια του, σημειώνοντας πως δεν πρέπει να αναφύονται τέτοιες καταστάσεις.
Σε ό,τι αφορά τον Αρχιεπίσκοπο Ιερώνυμο σίγουρα είναι πιο μετριοπαθής – δήλωσε άλλωστε πως δεν είναι υπέρ των συλλαλητηρίων για το σκοπιανό – σε σχέση με τον Χριστόδουλο και πιο ήπιος αλλά αυτό δεν σημαίνει ότι δεν ασπάζεται σε μεγάλο βαθμό παρόμοιες απόψεις με την πλειονότητα των μητροπολιτών. Δεν εκφράζεται με ακραίο τρόπο όπως ενδεχομένως οι μητροπολίτες Πειραιώς Σεραφείμ, ο Άνθιμος της Θεσσαλονίκης ή ο Αμβρόσιος αλλά για τα εθνικά θέματα έχει σχεδόν τις ίδιες απόψεις.
Για παράδειγμα το 2009 είχε ερωτηθεί σε συνέντευξη (Ταχυδρόμος Θεσσαλίας) αν η Εκκλησία πρέπει να έχει λόγο και φωνή σε σχέση για τα εθνικά θέματα και είχε υποστηρίξει πως ως μάνα και τροφός του Γένους πρέπει να έχει λόγο. «Δεν είναι έξω απ’ αυτά, αδιάφορη για ό,τι συντελείται, για όποια τυχόν πλήγματα επιφέρονται στον Ελληνισμό, στην πατρίδα μας. Ποτέ άλλωστε δεν θα πρέπει να λησμονούμε την προσφορά της Εκκλησίας σ όλους τους εθνικούς αγώνες του γένους μας. Αυτά είναι καταγεγραμμένα στην Ιστορία. Φυσικά χρειάζεται πάντοτε σε κάθε περίπτωση η πατερική αρετή της διάκρισης».
Σημειώνεται εξάλλου ότι σε κάθε θέμα ο Αρχιεπίσκοπος Ιερώνυμος επιχειρεί να κρατάει τις ισορροπίες εντός της Ιεραρχίας. Για το ευαίσθητο θέμα της ονομασίας των Σκοπίων γνωρίζει καλά ότι ειδικά οι βορειοελλαδίτες μητροπολίτες δέχονται αυτό το διάστημα και την πίεση από τους πολίτες των μητροπόλεών τους. Άλλωστε στη σύνθεση της παρούσας Διαρκούς Ιεράς Συνόδου βρίσκονται από τη βόρεια Ελλάδα ο μητροπολίτης Δράμας Παύλος, ο Λαγκαδά Ιωάννης, ο Πολυανής και Κιλκισίου Εμμανουήλ, ενώ συμμετέχουν και οι ιεράρχες Γλυφάδας Παύλος, Ν.Σμύρνης Συμεών, που συνήθως διατυπώνουν πιο συντηρητικές απόψεις.