Το Σκοπιανό αποτέλεσε αφορμή για να ξεσπάσει σφοδρή αντιπαράθεση στην ολομέλεια της βουλής μεταξύ των βουλευτών του ΣΥΡΙΖΑ και της Δημοκρατικής Συμπαράταξης. Το κλίμα πυροδότησε ο βουλευτής του ΣΥΡΙΖΑ, Γιώργος Βαρεμένος ο οποίος αντέδρασε στις προτάσεις του κυβερνητικού εταίρου Πάνου Καμμένου για την διεξαγωγή δημοψηφίσματος χαρακτηρίζοντας ακατανόητη την πρόταση του προέδρου των ΑΝΕΛ.
Στην συνέχεια ο βουλευτής της ΔΗΣΥ, Γιάννης Μανιάτης υποστήριξε πως «υπάρχει θέμα» στην κοινοβουλευτική πλειοψηφία κάνοντας στην συνέχεια λόγο για παραλήρημα του αρχηγού της λέσχης των εθνικοφρόνων αναφερόμενος στον υπουργό Εθνικής Άμυνας, τονίζοντας ότι η εξωτερική πολιτική δεν μπορεί να είναι κλοτσοσκούφι στις διαθέσεις των συγκυβερνώντων που ψαρεύουν σε θολά νερά. « Παίζετε με τη χώρα και την διασύρετε» κατάληξε ο κ Μανιάτης.
«Ρίξατε μερικές κροτίδες, αυτός είναι πολιτικός κουτσαβακισμός, να πάει αλλού να παίξει η αντιπολίτευση» απάντησε ο κοινοβουλευτικός εκπρόσωπος του ΣΥΡΙΖΑ, Νίκος Ξυδάκης κι επιτέθηκε στη ΝΔ λέγοντας ότι βουλευτές της συντηρητικής παράταξης προσπαθούν να εκμεταλλευθούν ένα θέμα εξωτερικής πολιτικής τονίζοντας ότι “ η αριστερά ποτέ δεν είπε κάτι διαφορετικό και αν έχει ανοίξει μια χαραμάδα μετριοπάθειας και συνεννόησης από την πλευρά των Σκοπίων η Αθήνα πρέπει να το εκτιμήσει και να φτιάξει ένα διπλωματικό πλαίσιο για να δούμε αν μπορούμε να συγκλίνουμε».
Να σημειωθεί ότι ο νωρίτερα ο κ. Βαρεμένος εξαπέλυσε βολές και εναντίον του αρχηγού της αξιωματικής αντιπολίτευσης σημειώνοντας πως «η περιπέτεια του Σκοπιανού δεν ξεκίνησε στο Βουκουρέστι» καλώντας τον Κυριάκο Μητσοτάκη και την Ντόρα Μπακογιάννη να απαντήσούν αν άκουσαν κάτι απο τον πατέρα τους για το θέμα.
«΄Αραγε ο Κυριάκος Μητσοτάκης άκουσε κάτι απο τον πατέρα του για το τι συνέβει τότε; Τι οδήγησε στην δήλωση πως δεν πειράζει και πως μετά απο 15 χρόνια κανείς δεν θα θυμάται τίποτα; Η Μπακογιάννη έχει ακούσει τίποτα για το φόνο; Αν κάποιος νομίζει πως στο παρασκήνιο θα συμφωνεί και στο προσκήνιο διαφωνεί για να κάνει φθορά στην κυβέρνηση πλανάτε πλάνην οικτρά» τόνισε χαρακτηριστικά.