Πέντε από τους συνολικά 25 δικαστές που συμμετείχαν στην Ολομέλεια του Συμβουλίου της Επικρατείας που έκρινε αντισυνταγματικές τις αλλαγές στο μάθημα των θρησκευτικών είχαν διαφορετική γνώμη από την πλειοψηφία των συναδέλφων τους. Δηλαδή η απόφαση της Ολομέλειας του ΣτΕ ελήφθη κατά πλειοψηφία 20 υπέρ και 5 κατά.
Η πλειοψηφία των 20 δικαστών έκρινε ότι η απόφαση του τέως υπουργού Παιδείας Νίκου Φίλη με την οποία επήλθε ριζική αλλαγή στο χαρακτήρα και τον τρόπο διδασκαλίας του μαθήματος των θρησκευτικών στις τάξεις Γ΄ έως ΣΤ΄ του Δημοτικού και του Γυμνάσιου είναι αντίθετη σε συνταγματικές διατάξεις, αλλά και αντίθετη στην Ευρωπαϊκή Σύμβαση Δικαιωμάτων του Ανθρώπου (ΕΣΔΑ).
Αντίθετα, η μειοψηφία τάχθηκε υπέρ της συνταγματικότητας.Οι 5 δικαστές που μειοψήφησαν είναι η αντιπρόεδρος Σπυριδούλα Χρυσικοπούλου και οι σύμβουλοι Επικρατείας Ιωάννης Μαντζουράνης Θεόδωρος Αραβάνης, Μιχάλης Πικραμένος και Αναστασία-Μαρία Παπαδημητρίου.
Σύμφωνα με πληροφορίες η μειοψηφία αφού τάσσεται υπέρ της συνταγματικότητας, επισημαίνει ότι το Σύνταγμα και οι διεθνείς συμβάσεις ουδόλως υποχρεώνουν τον νομοθέτη να προσδώσει στο μάθημα των θρησκευτικών ομολογιακό ή κατηχητικό χαρακτήρα, γιατί αυτό θα ισοδυναμούσε όχι με “ανάπτυξη” θρησκευτικής συνείδησης, αλλά με “επιβολή” θρησκευτικής συνείδησης συγκεκριμένου περιεχομένου.
Επίσης, η μειοψηφία αναφέρει ότι η απόφαση του Νίκου Φίλη υπηρετεί τους σκοπούς της παροχής από το Κράτος θρησκευτικής εκπαίδευσης πολυφωνικής και αξιολογικά ουδέτερης, παρουσιάζει επαρκώς τη διδασκαλία της Ορθοδοξίας, όπως προβλέπει το Σύνταγμα και οι διατάξεις των διεθνών συμβάσεων.