Αντισυνταγματικός, μετά το γυμνάσιο και για Λύκειο, κρίθηκε ο τρόπος της διδασκαλίας των θρησκευτικών με απόφαση που ελήφθη κατά πλειοψηφία από την Ολομέλεια του Συμβουλίου της Επικρατείας.
Η Ολομέλεια του Ανωτάτου Δικαστηρίου με την υπ΄ αριθμ. 926/2018 απόφασή της με πρόεδρο τον Νικόλαο Σακελλαρίου και εισηγητή τον σύμβουλο Επικρατείας Ευθύμιο Αντωνόπουλο, έκρινε κατά πλειοψηφία ότι η 143579/Δ2/7.9.2016 απόφαση του τότε υπουργού Παιδείας Νίκου Φίλη για το πρόγραμμα σπουδών του μαθήματος των θρησκευτικών στα Γενικά Λύκεια είναι πολλαπλά αντισυνταγματική και αντίθετη στην ΕΣΔΑ.
Η πλειοψηφία είχε την άποψη ότι «σύμφωνα με την συνταγματική αρχή της ισότητας και τις διατάξεις των άρθρων 9 και 14 της ΕΣΔΑ, το κράτος δεν μπορεί, ρυθμίζοντας το περιεχόμενο του μαθήματος των Θρησκευτικών, να στερήσει από τους μαθητές που ασπάζονται ορισμένη θρησκεία το δικαίωμα, το οποίο αναγνωρίζει σε μαθητάς που ανήκουν σε άλλες θρησκείες, να διδάσκονται αποκλειστικά τα δόγματα της πίστεώς των (όχι δε και δόγματα άλλων θρησκειών)».
Το πρόγραμμα σπουδών ,κατά τους δικαστές , για το μάθημα των θρησκευτικών στα Λύκεια «έχει ποιοτική και ποσοτική ανεπάρκεια ως προς την διδασκαλία της Ορθόδοξης Εκκλησίας, προκαλώντας σύγχυση στη θρησκευτική συνείδηση των Ορθοδόξων Χριστιανών μαθητών -στους οποίους αποκλειστικά μπορεί να απευθύνονται τα άρθρα 13 και 16 του Συντάγματος- το μάθημα των θρησκευτικών μέσω του οποίου επιτυγχάνεται η ανάπτυξη της Ορθόδοξης Χριστιανικής συνειδήσεως».
Παράλληλα, το ΣτΕ στην απόφασή του επικαλείται πολλές σκέψεις της προηγούμενης απόφασης που αφορά το μάθημα των θρησκευτικών στα Δημοτικά και Γυμνάσια και αναφέρει ότι προσβάλλεται ευθέως το Πρώτο Πρόσθετο Πρωτόκολλο της ΕΣΔΑ γιατί στερεί από τους μαθητές του Ορθόδοξου Χριστιανικού δόγματος το δικαίωμα να διδάσκονται αποκλειστικά τα δόγματα, τις ηθικές αξίες και τις παραδόσεις της Ανατολικής Ορθοδόξου Εκκλησίας του Χριστού, ενώ η νομοθεσία προβλέπει για μαθητές Ρωμαιοκαθολικούς, Εβραίους και Μουσουλμάνος να διδάσκονται αυτοτελώς το μάθημα αυτό.
Η υπόθεση έφτασε στο Ανώτατο Δικαστήριο ύστερα από προσφυγή που είχαν καταθέσει η Πανελλήνια Ένωση Θεολόγων και 4 γονείς τα παιδιά των οποίων φοιτούσαν στο Λύκειο.
Στην αντίπερα όχθη, η μειοψηφία των ανώτατων δικαστών τάχθηκε υπέρ της συνταγματικότητας της επίμαχης υπουργικής απόφασης .
Από την πλευρά τους μεταξύ άλλων επισημαίνουν ότι το Σύνταγμα και οι διεθνείς συμβάσεις ουδόλως υποχρεώνουν τον νομοθέτη να προσδώσει στο μάθημα των θρησκευτικών ομολογιακό ή κατηχητικό χαρακτήρα, γιατί αυτό θα ισοδυναμούσε όχι με “ανάπτυξη” θρησκευτικής συνείδησης, αλλά με “επιβολή” θρησκευτικής συνείδησης συγκεκριμένου περιεχομένου.
Επίσης, η μειοψηφία αναφέρει: «Η προσβαλλόμενη πράξη, η οποία εκδόθηκε κατόπιν γνωμοδοτήσεως των αρμόδιων επιστημονικών οργάνων και φορέων της εκπαιδευτικής κοινότητας, και αφού ακούσθηκαν οι απόψεις της Εκκλησίας, υπηρετεί τους σκοπούς της παροχής από το Κράτος θρησκευτικής εκπαίδευσης πολυφωνικής και αξιολογικά ουδέτερης, παρουσιάζει επαρκώς τη διδασκαλία της Ορθοδοξίας, όπως προβλέπει το Σύνταγμα και οι διατάξεις των διεθνών συμβάσεων που παρατέθηκαν σε προηγούμενη σκέψη, κινείται δε εντός των ορίων των εξουσιοδοτικών διατάξεων, που είναι ερμηνευτέες σύμφωνα με τις ανωτέρω αυξημένης τυπικής ισχύος διατάξεις.