Τα περίφημα μυστικά κονδύλια των υπουργείων, έγιναν αφορμή της ρίξης μεταξύ του υπουργού Εθνικής Αμυνας Πάνου Καμμένου, με τον πρώην υπουργό Εξωτερικών Νίκο Κοτζιά και φαίνεται μάλιστα πως ήταν ένας από τους λόγους που οδήγησαν την πολύκροτη παραίτηση Κοτζιά.
Συγκεκριμένα όπως υποστηρίζει ο ΣΚΑΪ, πρόκειται ουσιαστικά για ένα ποσό συνολικού ύψους σχεδόν 18 εκατ. ευρώ που έχει προβλεφθεί στον προϋπολογισμό του 2017 για το τρέχον οικονομικό έτος, και αφορά δύο νευραλγικής σημασίας για την εθνική ασφάλεια υπουργεία, το Εξωτερικών και το Άμυνας, αλλά και το υφυπουργείο Μακεδονίας Θράκης. Για όλα τα υπουργεία τα απόρρητα κονδύλια καταχωρίζονται στον ίδιο κωδικό – 0896.
Ειδικότερα, για το υπουργείο Εξωτερικών στον προϋπολογισμό του 2017 προβλέπεται η «μερίδα του λέοντος» το ποσό των 15 εκατ. ευρώ. Για το ΥΠΕΘΑ προβλέπεται το ποσό των 6,32 εκατ. ευρώ. Έτσι 1,5 εκατ. προορίζεται για το ΓΕΕΘΑ, 4,25 εκατ. προορίζονται για το ΓΕΣ κι από 200.000 ευρώ για τα δύο άλλα Γενικά Επιτελεία (ΓΕΝ και ΓΕΘ). Από την πλευρά του, ο ίδιος ο υπουργός Άμυνας Πάνος Καμμένος δηλώνει ότι μπορεί να διαχειριστεί μόνο 640.000 ευρώ.
Στο υφυπουργείο Μακεδονίας – Θράκης της Κατερίνας Νοτοπούλου οι απόρρητες δαπάνες ανέρχονται σε 375.000 ευρώ.