Σκληρή απάντηση αλλά με τον δικό του ιδιαίτερο τρόπο έδωσε ο Οικουμενικός Πατριάρχης στο Πατριαρχείο Μόσχας για την κίνησή του να διακόψει την ευχαριστιακή κοινωνία με το Φανάρι αντιδρώντας στην απόφαση του κ.Βαρθολομαίου να εκχωρήσει αυτοκεφαλία στην Εκκλησία της Ουκρανίας. Συγκεκριμένα ο κ.Βαρθολομαίος υποστήριξε ότι η στάση αυτή του Πατριαρχείου Μόσχας «στερείται θεολογικού και εκκλησιολογικού θεμελίου και αντίκειται στην παράδοση της Μίας Αγίας και Καθολικής και Αποστολικής Εκκλησίας».
Ο Οικουμενικός Πατριάρχης ουσιαστικά παρενέβη για πρώτη φορά στο θέμα αυτό μετά την απόφαση που είχε πάρει η Μόσχα στις 15 Οκτωβρίου να διακόψει την κοινωνία με το Οικουμενικό Πατριαρχείο. Η παρέμβασή του έγινε την Παρασκευή κατά τη διάρκεια της Θείας Λειτουργίας στον ναό του Αγίου Γεωργίου στο Φανάρι για τη γιορτή του πρωτοκλήτου Αγίου Ανδρέα. Ο κ.Βαρθολομαίος ανέφερε ακόμη σε άλλο σημείο πως η «αδελφή Εκκλησία της Ρωσσίας, αντιδρώσα εις το Ουκρανικόν Αυτοκέφαλον, διέκοψε την ευχαριστιακήν κοινωνίαν μετά του Οικουμενικού Πατριαρχείου. Εις την περίπτωσιν ταύτην, η Ευχαριστία, το κεντρικόν γεγονός της εκκλησιαστικής ζωής, χρησιμοποιείται, ανεξαρτήτως από την υφισταμένην ενότητα εν τη πίστει, μετά περισσής ευκολίας, ως μέσον διά να ασκηθή πίεσις, δήθεν προς διαφύλαξιν της ενότητος της Ορθοδοξίας, η οποία αποκόπτεται τοιουτοτρόπως από την εν τη πίστει ενότητα, άνευ της οποίας δεν νοείται η κοινωνία «εν τοις μυστηρίοις», και συνδέεται με κοσμικά κριτήρια, τα οποία καθίστανται μέτρον του «ουκ εκ του κόσμου» χαρακτήρος της Εκκλησίας».
«Ιερά» καρφιά εκτόξευσε όμως ο Οικουμενικός Πατριάρχης και σε όσους τον επικρίνουν για τον διάλογο με την Ρωμαιοκαθολική Εκκλησία τους οποίους χαρακτήρισε εκπροσώπους του αντιδιαλογικού φονταμενταλισμού. «Εις δε τους εκπροσώπους του αντιοικουμενικού και αντιδιαλογικού φονταμενταλισμού, λέγομεν, μετ᾿ εμφάσεως, ότι όχι μόνον δεν είναι οι αυθεντικοί υπερασπισταί της εκκλησιαστικής παραδόσεως, ως οι ίδιοι θεωρούν τον εαυτόν των, αλλά ότι παρερμηνεύουν και παραποιούν την γνησίαν παράδοσιν, και, διά του ου κατ᾿ επίγνωσιν ζήλου των, διχάζουν τον λαόν του Θεού» σημείωσε. Και πρόσθεσε: «Ως απεφάνθη η Αγία και Μεγάλη Σύνοδος, «κοινός» και «ενιαίος» σκοπός εις πάντας τους θεολογικούς διαλόγους, τους οποίους διεξάγει η Ορθόδοξος Εκκλησία, είναι «η τελική αποκατάστασις της εν τη ορθή πίστει και τη αγάπη ενότητος».