Η Γενική Γραμματεία Αντεγκληματικής Πολιτικής (στην οποία συμπεριλαμβάνονται οι φυλακές) που μέχρι πρότινος υπάγονταν στο υπουργείο Δικαιοσύνης αλλά και ο τομέας της μεταναστευτικής πολιτικής μεταφέρθηκαν στη νέα δομή του υπουργείου Προστασίας του Πολίτη.
Ειδικότερα όπως αναφέρεται στο υπ’ αριθμόν 81 Προεδρικό Διάταγμα (8 Ιουλίου 2019/ ΤΕΥΧΟΣ ΠΡΩΤΟ/Αρ. Φύλλου 119) «Σύσταση, συγχώνευση, μετονομασία και κατάργηση Υπουργείων και καθορισμός των αρμοδιοτήτων τους – Μεταφορά υπηρεσιών και αρμοδιοτήτων μεταξύ Υπουργείων» το Υπουργείο Προστασίας του Πολίτη και το Υπουργείο Μεταναστευτικής Πολιτικής συγχωνεύονται σε νέο Υπουργείο Προστασίας του Πολίτη. 2. «Όλες οι υπηρεσίες, κεντρικές και περιφερειακές, τα όργανα, οι θέσεις και το προσωπικό των συγχωνευόμενων Υπουργείων αποτελούν εφεξής υπηρεσίες, όργανα, θέσεις και προσωπικό του Υπουργείου Προστασίας του Πολίτη. Στο Υπουργείο Προστασίας του Πολίτη υπάγονται επίσης οι αυτοτελείς υπηρεσίες και όλα τα νομικά πρόσωπα και οι φορείς που εποπτεύονται από τα συγχωνευόμενα Υπουργεία…Οι υφιστάμενες κατά τη δημοσίευση του παρόντος Γενικές Γραμματείες των συγχωνευόμενων Υπουργείων αποτελούν εφεξής αντίστοιχες Γραμματείες του Υπουργείου Προστασίας του Πολίτη. ».
Παράλληλα «Από το Υπουργείο Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων η Γενική Γραμματεία Αντεγκληματικής Πολιτικής του άρθρου 17 του π.δ. 96/2017 (Α’ 136) όπως ισχύει, συμπεριλαμβανομένου του συνόλου των υπαγομένων σε αυτή οργανικών μονάδων, το Σώμα Επιθεώρησης και Ελέγχου Καταστημάτων Κράτησης, η Ιατροδικαστική Υπηρεσία, τα Καταστήματα Κράτησης, Σωφρονιστικά και Θεραπευτικά Καταστήματα, τα Ειδικά Θεραπευτικά Καταστήματα και η Κεντρική Αποθήκη Υλικού Φυλακών (ΚΑΥΦ), το Ίδρυμα Αγωγής Ανηλίκων Αρρένων Βόλου και οι Υπηρεσίες Επιμελητών Ανηλίκων και Κοινωνικής Αρωγής των άρθρων 19, 26, 27, 28 και 29 του π.δ. 96/2017, όπως ισχύει.»
Επιπλέον στο υπουργείο Προστασίας του Πολίτη μεταφέρονται από το Υπουργείο Οικονομίας και Ανάπτυξης, η Ειδική Γραμματεία Συντονισμού και Διαχείρισης Προγραμμάτων, Ταμείου Ασύλου, Μετανάστευσής και Ένταξης και Ταμείου Εσωτερικής Ασφάλειας και Άλλων Πόρων η οποία συστάθηκε με το άρθρο 75 του ν. 4375/2016.
Ακόμη στο ΠΔ σημειώνεται ότι: «Όπου στην κείμενη νομοθεσία αναφέρονται ο Υπουργός Μεταναστευτικής Πολιτικής καθώς και οι Υπουργοί σε θέματα των μεταφερομένων στο νέο Υπουργείο υπηρεσιών, φορέων, νομικών προσώπων και αρμοδιοτήτων, νοείται εφεξής ο Υπουργός Προστασίας του Πολίτη.»
Επιπλέον «μέχρι να συγκροτηθούν ενιαία υπηρεσιακά και πειθαρχικά συμβούλια, το προσωπικό του Υπουργείου Προστασίας του Πολίτη εξακολουθεί να υπάγεται αντίστοιχα στα υπηρεσιακά και πειθαρχικά συμβούλια των συγχωνευομένων Υπουργείων ή των Υπουργείων από τα οποία προέρχονται οι μεταφερόμενες υπηρεσίες.»
Ακόμη «οι δαπάνες του Υπουργείου Προστασίας του Πολίτη βαρύνουν έως 31.12.2019 τους προϋπολογισμούς που έχουν εγκριθεί για όλα τα υπουργεία, οι πιστώσεις των οποίων μεταφέρονται στο Υπουργείο Προστασίας του Πολίτη κατά το μέρος που αφορούν τις υπαγόμενες σε αυτό υπηρεσίες και τους εποπτευόμενους φορείς.»