Προβλήματα μόλυνσης και υπεράντλησης αντιμετωπίζει η λίμνη Κορώνεια εδώ και δεκαετίες. Το ειδυλλιακό τοπίο καταφέρνει να σκεπάσει τα προβλήματα με την ιχθοπανίδα και με τη στάθμη των νερών, ωστόσο αυτό δεν σημαίνει ότι τα προβλήματα έχουν εκλείψει.
Το 2019 συστήθηκε μόνιμη επιτροπή για τη σωτηρία της λίμνης. Τα προβλήματά της έχουν γίνει γνωστά από το 1986 αλλά μέχρι σήμερα δεν έχουν επιλυθεί.
Υπεράντληση υδάτων από τους αγρότες αλλά και τα βαφεία της περιοχής την κατέστησαν προβληματική. Σήμερα η στάθμη της είναι σε ικανοποιητικό επίπεδο.