Την άνοιξη του 1896, δυο μόνο εβδομάδες πριν από την έναρξη των Ολυμπιακών Αγώνων, η διοργανωτική επιτροπή, που είχε πρόεδρο τον διάδοχο Κωνσταντίνο και μέλη επίλεκτα στελέχη της πολιτικής, στρατιωτικής και πνευματικής ζωής της Αθήνας, προκήρυξε τους Πανελλήνιους Αγώνες, οι οποίοι θα αποτελούσαν πρόκριμα για τους Ολυμπιακούς. Οι μαρουσιώτες αγρότες φημίζονταν για τις φυσικές ικανότητές τους και την ανθεκτικότητα στις κακοτράχαλες διαδρομές, όπως αυτής του Μαραθώνα.
Ο Σπύρος Λούης πληροφορήθηκε την προκήρυξη της διεξαγωγής των Πανελληνίων, αλλά αφοσιωμένος στη σκληρή αγροτική του εργασία δίσταζε να πάρει μέρος και να συναγωνιστεί με αθλητές που ασχολούνταν συστηματικά με τον Μαραθώνιο. Ομως από την άλλη θυμόταν τα λόγια του Παπαδιαμαντόπουλου μετά το επεισόδιο με το ξίφος του: «Αν είσαι τέτοιος δρομέας, αξίζεις παράσημο. Τύφλα να ‘χει το άλογό μου μπροστά σου!». Ετσι άρχισε να σκέφτεται σοβαρά τη συμμετοχή του.
Τελικά οι Πανελλήνιοι διεξήχθησαν τις πρώτες μέρες του Μαρτίου και στον Μαραθώνιο νικητές αναδείχτηκαν: 1ος ο Χαρίλαος Βασιλάκος, που ήταν ανεξάρτητος, 2ος ο Νικόλαος Μπελόκας του ΠΓΣ, 3ος ο Δεληγιάννης του ΠΓΣ, 4ος ο Δ. Χριστόπουλος της Γ.Ε. Πατρών, 5ος ο Γρηγορίου του ΕΓΣ και 6ος ο Ευάγγελος Γερακάκης του ΠΓΣ, όλοι έμπειροι και γνωστοί δρομείς. Ο χρόνος του Βασιλάκου ήταν 3 ώρες και 18 λεπτά.
Ωστόσο, σύμφωνα με την οργανωτική επιτροπή των Αγώνων, οι αθλητές που έλαβαν μέρος στους Πανελλήνιους δεν ήταν αρκετοί για τους Ολυμπιακούς Αγώνες. Γι’ αυτό αποφάσισε, λίγο πριν από την επίσημη έναρξη των Αγώνων, που είχε οριστεί στις 25 Μαρτίου, να προσκαλέσει και άλλους, ανεξάρτητους, αθλητές, προκειμένου να τρέξουν και να διεκδικήσουν θέση στον Μαραθώνιο των Ολυμπιακών, αν φυσικά οι χρόνοι που θα σημείωναν θα ήταν ικανοποιητικοί.
Η απόφαση της ΕΟΑ ανακοινώθηκε καθυστερημένα και τελικά o νέος, διεθνής αυτή τη φορά, προκριματικός διεξήχθη στις 25 Μαρτίου, την πρώτη μέρα των Ολυμπιακών Αγώνων. Ο Λούης, μαθαίνοντας το γεγονός του νέου προκριματικού, αποφάσισε αυτή τη φορά να δοκιμάσει την τύχη του, πιθανώς παρακινημένος από τον συγχωριανό του Κωνσταντίνο Πιέτρη, γυμναστή στο Α’ Γυμνάσιο της Μητροπόλεως, αλλά και με την ενδόμυχη σκέψη ότι η πιθανή νίκη θα του πρόσφερε δόξα και ίσως έκανε πιο εύκολη την «κατάκτηση» της Ελένης.
Ετσι µε µια συντροφιά από πολλούς Μαρουσιώτες, όπως ο Γεώργιος Λαυρέντης και ο Σταμάτης Μασούρης, και γείτονες Χαλανδριώτες, όπως ο Βρεττός και o Καφετζής, συνολικά 38 δρομείς, όλοι μαζί, συγκεντρώθηκαν στον Μαραθώνα το απόγευμα της Κυριακής 24ης Μαρτίου. Ο Μαραθώνιος άρχισε πολύ νωρίς το πρωί της Δευτέρας. Αφέτης για μια ακόμα φορά, όπως και στους Πανελλήνιους, ήταν ο Παπαδιαμαντόπουλος.
Τα αποτελέσµατα του αγώνα ήταν: 1ος ο Δεληγιάννης, 2ος ο Αυστραλός Edwin Flack, 3ος ο Μπελόκας, 4ος ο Lermusiaux, 5ος ο Χριστόπουλος και 6ος ο Ούγγρος Kellner. Ο νικητής των Πανελληνίων Βασιλάκος κατετάγη 7ος, ενώ οι Μαρουσιώτες Λαυρέντης 13ος, Παπασυμεών 14ος και Λούης 17ος. Η Επιτροπή των Αγώνων αποφάσισε να αγωνιστούν στους Ολυμπιακούς οι πρώτοι δεκαέξι. Η μοίρα όμως εμφανίστηκε, όπως στην αρχαιότητα, στο πρόσωπο του Παπαδιαμαντόπουλου.
Ο άνθρωπος αυτός, που γνώριζε όσο κανείς άλλος τις δυνατότητες του παλιού του στρατιώτη, ως επικεφαλής της επιτροπής και αφέτης στον Μαραθώνιο, απαίτησε και μάλιστα με πείσμα και επιμονή τη συμμετοχή του προστατευόμενού του και τελικά πέτυχε να τρέξουν δεκαεπτά αθλητές. Στον Ολυμπιακό Μαραθώνιο, που διεξήχθη την Παρασκευή 29 Μαρτίου, ο Λούης δικαίωσε τις προσδοκίες του Παπαδιαμαντόπουλου κατακτώντας την πρώτη θέση. Η νίκη αυτή του Λούη έγινε δεκτή με πρωτόγνωρο ενθουσιασμό και πανηγυρισμούς τόσο στο Παναθηναϊκό Στάδιο όσο και σε όλη την Ελλάδα, περισσότερο από όλες τις άλλες ελληνικές επιτυχίες.
Οι αντιδράσεις αυτές ήταν αναμενόμενες, αφού το αγώνισμα του Μαραθωνίου, κατ’ εξοχήν αρχαιοπρεπές και άμεσα συνδεδεμένο με την ψυχοσύνθεση των Ελλήνων, έπρεπε οπωσδήποτε να το κερδίσει συμπατριώτης τους. Ο Λούης, διατηρώντας βαθιά στη μνήμη του αυτές τις ανεπανάληπτες στιγμές, συχνά έλεγε ότι η πάντα σοβαρή βασίλισσα Ολγα τον φίλησε στο μέτωπο και όταν τον ρώτησε διακριτικά για τα σκληρά γεμάτα ρόζους χέρια του, ο Μαρουσιώτης Ολυμπιονίκης απάντησε περήφανα: «Επειδή είμαι αγρότης». Τότε εκείνη έβγαλε τα κοσμήματα που φορούσε και του τα χάρισε! Από την πλευρά του ο φλεγματικός βασιλιάς Γεώργιος, αφού τον συγχάρηκε, τον ρώτησε σε τι μπορεί να τον βοηθήσει και ο αυθόρμητος Λούης του ζήτησε ένα άλογο με κάρο, για να μεταφέρει το μαρουσιώτικο νερό στην Αθήνα.
Το ίδιο βράδυ προσπάθησε να ξεκουραστεί λίγο, αλλά οι ενθουσιώδεις Αθηναίοι δεν τον άφησαν σε ησυχία θέλοντας να εκφράσουν τον θαυμασμό και την αγάπη τους. Κατόπιν επέστρεψε με το τρένο στο Μαρούσι, όπου η υποδοχή από τους συγχωριανούς του ήταν εντυπωσιακή. Ολοι τον υποδέχτηκαν ως ήρωα στην πλατεία, οι ταβέρνες και τα καφενεία ήταν γεμάτα κόσμο και τα κεράσματα στην πρώτη γραμμή. Επί πολλές μέρες γλεντούσαν με την καρδιά τους το γεγονός, ως άλλη Ανάσταση, με δεκάδες οβελίες και άφθονο κρασί κερνώντας τους εντυπωσιασμένους Ελληνες και ξένους επισκέπτες.
Ο Λούης επέστρεψε την Κυριακή το πρωί στην Αθήνα, προκειμένου να λάβει μέρος στην επίσημη δεξίωση που παρέθεσε ο βασιλιάς Γεώργιος στους αθλητές, Ελληνες και ξένους, στους συνοδούς και στους επισήμους. Ανάμεσα σε 260 άτομα τιμώμενο πρόσωπο ήταν o εύζωνας Ολυμπιονίκης, που είχε μεταβεί στα Ανάκτορα με τον πατέρα του Αθανάσιο Λούη, που καμάρωνε με περισσή περηφάνια για τον γιο του. Ο Λούης έγινε το σύμβολο της Ελλάδας. Ενα σύμβολο πατριωτισμού, εργατικότητας και φιλοτιμίας. Υμνήθηκε από πνευματικούς ανθρώπους, λογοτέχνες, ποιητές και δημοσιογράφους.
Τιµήθηκε όσο κανένας άλλος! Δέχτηκε δώρα – που πάντα απέφευγε λόγω του αφιλοκερδούς χαρακτήρα του – και κέρδισε τη δόξα! Ωστόσο αυτός συνέχισε τις αγροτικές του εργασίες και αυτή της μεταφοράς νερού. Οι συνθήκες γι’ αυτόν βελτιώθηκαν κάπως, όχι από την άποψη ότι κέρδισε χρήματα, αλλά επειδή είχε γίνει το σύμβολο και η δόξα της Ελλάδας. Ενα περίπου χρόνο μετά τον θρίαμβό του, στις 17 Απριλίου 1897, παντρεύτηκε επιτέλους τον πρώτο και μοναδικό έρωτα της ζωής του Ελένη Κόντου, αφού έλαβε και τη συγκατάθεση της θετής της μητέρας, η οποία, σύμφωνα με τα έθιμα της εποχής, προίκισε πλουσιοπάροχα την κόρη της.
Ο γάµος τους στο Μαρούσι έμεινε στη μνήμη των συγχωριανών του για χρόνια, αφού ακολούθησε γλέντι με όργανα, οβελίες και άφθονο κρασί. Ο ίδιος διηγούνταν ότι ήταν ντυμένος «φράγκικα», δηλαδή με κοστούμι, και η νύφη με άσπρο νυφικό και όχι, όπως ανέφεραν οι φήμες, με την παραδοσιακή ενδυμασία του εύζωνα και η νύφη με ηπειρωτική φορεσιά. Τον επόμενο χρόνο γεννήθηκε o πρώτος γιος του Παναγιώτης, έξι χρόνια μετά o Γιώργος και το 1909 ο Νίκος. Ο πάντα σεμνός και αξιαγάπητος Μαρουσιώτης, προκειμένου να αντεπεξέλθει στις ανάγκες της πενταμελούς οικογένειάς του, συνέχισε τις αγροτικές εργασίες του και επιπλέον μετέφερε πεντελικό μάρμαρο στην Αθήνα. Επίσης, η Πολιτεία, για να τον τιμήσει τον διόρισε αγροφύλακα στην περιοχή. Ομως, στην ανατολή του 20ού αιώνα και μετά τη γέννηση του τρίτου γιου του άρχισε να αντιμετωπιζει οικονομικά προβλήματα, που οφείλονταν στην ασθένεια της συζύγου του.