Η πλέον σοβαρή επιπλοκή της χρόνιας κολπικής μαρμαρυγής θεωρείται ότι είναι εμβολή με θρόμβους που δημιουργούνται μέσα στην καρδιά και αποσπώμενοι μπορεί να προκαλέσουν ισχαιμικά και εγκεφαλικά επεισόδια. Για τον λόγο αυτόν, άλλωστε, οι άρρωστοι με χρόνια μαρμαρυγή παίρνουν σταθερά αντιπηκτικά φάρμακα προκειμένου να αποτρέψουν τη δημιουργία θρόμβων μέσα στον αριστερό κόλπο της καρδιάς. Ομως, τα τελευταία χρόνια μια σειρά μελετών και μεταναλύσεων με σύνολο ασθενών περί τους 40.000 έχουν δείξει ότι υπάρχει ένας άλλος ύπουλος εχθρός. Μια επιπλοκή που παραλύει την εγκεφαλική λειτουργία και οδηγεί μέσα σε λίγα χρόνια σε άνοια και τελικά στον θάνατο αφού σιγά σιγά υπολειτουργούν όλες οι λειτουργίες του εγκεφάλου. Εκείνο που παθολογοανατομικά αποδεικνύεται είναι ότι υπάρχουν μικρά υποκλινικά εμφράγματα σε συνδυασμό με μικροαιμορραγίες. Η κολπική μαρμαρυγή είναι μια αρρυθμία που εκ πρώτης όψεως δεν απειλεί τη ζωή του ανθρώπου ακόμα και στις ακραίες κλινικές εκδηλώσεις με ταχυαρρυθμία ή βραδυαρρυθμία.

Ο άρρωστος βέβαια ανησυχεί όταν αισθανθεί μεγάλη ταχυκαρδία ή βραδυκαρδία όμως οι κίνδυνοι αντιμετωπίζονται με τη σωστή θεραπευτική αγωγή. Ομως ο μεγάλος κίνδυνος σχετίζεται με το πώς η χρόνια κολπική μαρμαρυγή επηρεάζει τη λειτουργία του εγκεφάλου. Το γεγονός αυτό των μικροαιμορραγιών θέτει ερωτήματα για το κατά πόσο η αντιπηκτική θεραπεία που χορηγείται για την αποτροπή της δημιουργίας θρόμβου τελικά χειροτερεύει τις μικροαιμορραγίες του εγκεφάλου που θεωρούνται συνυπεύθυνες για την άνοια.

Ο προβληματισμός αυτός συνηγορεί υπέρ της άποψης της άμεσης αντιμετώπισης της κολπικής μαρμαρυγής μόλις αυτή εκδηλωθεί με στόχο την αποκατάσταση του φλεβοκομβικού ρυθμού. Η άνοια έχει άμεση συσχέτιση με τη χρονιότητα της μαρμαρυγής με την προχωρημένη ηλικία των αρρώστων. Η χρονιότητα της κολπικής μαρμαρυγής είναι επικίνδυνη για τους ηλικιωμένους, γι’ αυτό αποτελεί λάθος εάν δεν αποκατασταθεί με όλους τους τρόπους μόλις εκδηλωθεί. Η χρόνια κολπική μαρμαρυγή δεν είναι ιδιαίτερα επικίνδυνη για τη λειτουργία της καρδιάς όσο είναι επικίνδυνη για τα άτομα της τρίτης ηλικίας. Ακόμα και οι τελευταίες απεικονιστικές μέθοδοι όπως η αξονική ή η μαγνητική τομογραφία αδυνατούν να απεικονίσουν τις μικροαιμορραγίες αυτές, οι οποίες όμως σχετίζονται με έκπτωση της εγκεφαλικής λειτουργίας που καταλήγει σε άνοια.