Το ζήτημα της διαχείρισης των χρηματοδοτήσεων για το Προσφυγικό αναδεικνύει δύο σημαντικές στρεβλώσεις για την αξιοποίηση ευρωπαϊκών χρηματοδοτήσεων που διακατέχουν γενικότερα το Δημόσιο στην Ελλάδα και έχουν διογκωθεί τα τελευταία χρόνια. Η πρώτη αφορά την αδιαφορία για τον ελεγκτικό κύκλο μιας χρηματοδότησης. Ενα ευρωπαϊκό πρόγραμμα, όποια μορφή και αν έχει αυτό (έκτακτης ή τακτικής χρηματοδότησης), δεν σταματά με την ολοκλήρωσή του, αλλά με τον έλεγχο που μπορεί να διενεργηθεί ακόμη και σε βάθος πενταετίας από την ΕΕ. Οι δε έλεγχοι αυτοί δεν περιορίζονται απλώς στην εξακρίβωση ποσοτικών στοιχείων που αφορούν το αντικείμενο της κάθε χρηματοδότησης. Αντίθετα, δίνουν έμφαση στον τρόπο με τον οποίο πραγματοποιείται μια δαπάνη και την όλη διαδρομή της από την αναγκαιότητα να γίνει και την αντιστοιχία της με την πρόβλεψη της συμφωνίας επιδότησης ώς τον τρόπο που αυτή έγινε και αν ακολουθήθηκαν η αναζήτηση προσφορών και όλα όσα προβλέπονται στην εθνική και ευρωπαϊκή νομοθεσία. Η δεύτερη στρέβλωση αφορά την προώθηση επιλογών υπεργολαβίας. Ενώ αρχικά ένας φορέας του Δημοσίου λαμβάνει μια χρηματοδότηση από την ΕΕ, τη μεταφέρει τελικά μέσω της υπεργολαβίας σε έναν άλλον μη κρατικό φορέα λόγω αδυναμίας του να την υλοποιήσει ή να την εποπτεύσει. Βέβαια, σε ορισμένες περιπτώσεις, όπως είναι η προμήθεια υπηρεσιών ή προϊόντων, είναι λογικό να προκριθεί η υπεργολαβία, όμως αυτό δεν σημαίνει σε καμία περίπτωση πως ο φορέας που έχει την ευθύνη του έργου αφήνει την όλη διαχείριση στον υπεργολάβο.
Σε αυτό το δομικά προβληματικό πλαίσιο προστέθηκε η πίεση για την υλοποίηση δράσεων σίτισης, στέγασης, φιλοξενίας κ.ά. των προφύγων και των μεταναστών που πέρασαν και διαμένουν σε ανοιχτές και κλειστές δομές από το 2015 ώς σήμερα. Η ΕΕ, για να υποστηρίξει άμεσα την Ιταλία και την Ελλάδα, δημιούργησε μια νέα ευέλικτη μορφή χρηματοδότησης, τα Επείγοντα (Emergencies). Οι χρηματοδοτήσεις αυτές είχαν ως στόχο να  βοηθήσουν στην επείγουσα διαχείριση της κρίσης στην Ιταλία και στην Ελλάδα και για αυτόν τον λόγο η έγκρισή τους γινόταν σε πολύ βραχύ χρονικό διάστημα, αρκεί η Επιτροπή να τεκμηρίωνε πως θα καλυπτόταν μια επείγουσα ανάγκη. Αυτό όμως δεν σημαίνει σε καμία περίπτωση πως το ελεγκτικό πλαίσιο των χρηματοδοτήσεων δεν θα ακολουθηθεί. Αντίθετα, επειδή αυτές οι χρηματοδοτήσεις είναι έκτακτες, ο έλεγχός τους γίνεται απευθείας από την Ευρωπαϊκή Υπηρεσία Καταπολέμησης της Απάτης (OLAF).
Ο έλεγχος που διενεργεί η OLAF στη χρηματοδότηση του υπουργείου Εθνικής Αμυνας για την υλοποίηση ενός προγράμματος σίτισης μεταναστών ύψους 52 εκατομμυρίων ευρώ θα ανοίξει τον ασκό του Αιόλου για τις σημαντικές χρηματοδοτήσεις που έχει πάρει η Ελλάδα από το 2015 ώς σήμερα. Αλλωστε, τα περισσότερα από τα προγράμματα αυτά έχουν ορίζοντα υλοποίησης 12-24 μήνες, κάτι που σημαίνει πως οι ελέγχοι θα ενταθούν στο επόμενο διάστημα, όσο οι δράσεις θα ολοκληρώνονται. Καθυστερήσεις στα χρονοδιαγράμματα, προβλήματα στις αναθέσεις, δυστοκίες στην υλοποίηση, αλλά και ζητήματα οικονομικής διαχείρισης θα μπουν στον μικροσκόπιο των διαφορετικών ελεγκτικών μηχανισμών της ΕΕ και μπορούν να δημιουργήσουν σημαντικά προβλήματα αξιοπιστίας για την εικόνα της χώρας και να οδηγήσουν ακόμη και σε επιστροφές υψηλών χρηματικών ποσών.  Δεν πρέπει να ξεχνάμε πως η Διεύθυνση Εσωτερικών Υποθέσων της ΕΕ (DG Home Affairs) έχει στο παρελθόν εκφράσει ενστάσεις για την εμπλοκή των Ενόπλων Δυνάμεων στη διαχείριση του Μεταναστευτικού. Η εκχώρηση της διαχείρισης του Μεταναστευτικού σε ΜΚΟ και εταιρείες έχει δημιουργήσει σημαντικά ζητήματα και αποτυχίες.
Ο Τριαντάφυλλος Καρατράντος είναι διεθνολόγος, ειδικός σε θέματα ασφάλειας