Από την πρώτη στιγμή που ανακοινώθηκε η συμφωνία Τσίπρα – Ιερώνυμου, στο Κίνημα Αλλαγής εστίασαν την κριτική τους σε δύο βασικά σημεία: στους κινδύνους που ενδεχομένως να προκύψουν από την «κρατικοδίαιτη οικονομική χειραφέτηση της Εκκλησίας» και στην ανασφάλεια που η συμφωνία δημιουργούσε στον «απλό παπά». Στη Χαριλάου Τρικούπη τάσσονται υπέρ των διακριτών ρόλων Κράτους – Εκκλησίας, ωστόσο τα κεντροαριστερά στελέχη θεώρησαν πως αυτό δεν επιτυγχάνεται από όσα ανακοινώθηκαν. Αντιθέτως, με τη μη ενημέρωση των πολιτικών κομμάτων κατάλαβαν πως η κυβέρνηση εκμεταλλεύεται μικροπολιτικά ακόμα και τα ανοιχτά ζητήματα ανάμεσα στην Εκκλησία και το Κράτος. Με αυτά υπόψη, το προηγούμενο διάστημα η Φώφη Γεννηματά είχε τέσσερις συναντήσεις. Η πρώτη με τον Ιερό Σύνδεσμο Κληρικών Ελλάδος, η δεύτερη με την Ενωση Συνδέσμων Κληρικών της Εκκλησίας Κρήτης, η τρίτη με τον Αρχιεπίσκοπο Ιερώνυμο και η τελευταία, που έλαβε χώρα το Σάββατο, με τον Πατριάρχη Βαρθολομαίο. «Για εμάς, καμία συμφωνία μεταξύ Πολιτείας και Εκκλησίας δεν μπορεί να γίνει χωρίς τη συμμετοχή του Οικουμενικού Πατριαρχείου» ανέφερε χαρακτηριστικά μετά την επίσκεψή της στο Φανάρι. «Είναι ιστορικοί και διαχρονικοί οι δεσμοί του ελληνικού λαού με την Ορθοδοξία και μείζονα εθνικά ζητήματα συνδέονται με το Πατριαρχείο» επισήμανε, τονίζοντας πως ενημέρωσε τον Πατριάρχη για την επιστολή της προς τον Νίκο Βούτση, με την οποία ζητά σύσταση ειδικής επιτροπής για τη σχέση Κράτους – Εκκλησίας.

Στο Κίνημα Αλλαγής, βέβαια, θεωρούν πως οι αλλαγές στο άρθρο 3 του Συντάγματος είναι επιβεβλημένες, αν και παράλληλα επισημαίνουν ότι για να είναι το κράτος θρησκευτικά ουδέτερο πρέπει να υπάρξουν αλλαγές και στο άρθρο 16. Ολα αυτά, ωστόσο, πρέπει να γίνουν ύστερα από συνεννόηση των πολιτικών δυνάμεων. «Σε ένα σύγχρονο ευρωπαϊκό κράτος είναι επιβεβλημένος ο διαχωρισμός των σχέσεων Εκκλησίας – Κράτους. Από τη μία πλευρά η ΝΔ δεν το διανοείται και από την άλλη η δειλία του ΣΥΡΙΖΑ είναι προφανής, δεν τολμά να προχωρήσει στον διαχωρισμό» ανέφερε προσφάτως και ο Θανάσης Θεοχαρόπουλος.