Οι κιρκάδιοι ρυθμοί δεν είναι ακριβώς ίδιοι μεταξύ ανδρών και γυναικών. Γι’ αυτόν τον λόγο παρατηρούνται αρκετές διαφορές στον ύπνο μεταξύ των δύο φύλων, κατά την κ. Κάσση.
Ειδικότερα, οι γυναίκες έχουν την τάση να μπαίνουν πιο νωρίς για ύπνο, αλλά και να ξυπνούν νωρίτερα το πρωί απ’ ό,τι οι άνδρες. Μπορεί επίσης να αποκοιμηθούν πιο εύκολα από τους άνδρες και να κάνουν πιο αδιατάρακτο ύπνο. Μπορεί, όμως, να συμβεί και το αντίστροφο, καθώς οι ορμονικές διακυμάνσεις της εμμήνου ρύσεως, της εγκυμοσύνης και κυρίως της εμμηνόπαυσης μπορεί να διαταράξουν σημαντικά τον ύπνο τους.
Μελέτες έχουν δείξει ότι οι διαταραχές του ύπνου, όπως η αϋπνία και οι συχνές αφυπνίσεις στη διάρκεια της νύχτας, είναι συχνότερες στις γυναίκες. Σε αυτό μπορεί να συμβάλλει και το εντονότερο στρες που συχνά νιώθουν.