Την έντονη αντίδραση του τουρκικού υπουργείου Εξωτερικών προκάλεσε η έγκριση του τελικού κειμένου για τη «Στρατηγική Πυξίδα» της ΕΕ και δη οι αναφορές στην Ανατολική Μεσόγειο και την τουρκική προκλητικότητα. Το τουρκικό ΥΠΕΞ βλέπει «δάκτυλο» Αθήνας και Λευκωσίας στις αναφορές στην Αγκυρα, υποστηρίζοντας ότι αυτές «υπαγορεύτηκαν από τα δύο μέλη της ΕΕ που έχουν μαξιμαλιστικές αξιώσεις για τα θαλάσσια σύνορα» εις βάρος και αρνούμενα τα «δικαιώματα της Τουρκίας και των Τουρκοκυπρίων». Η Αγκυρα καταγγέλλει την ΕΕ ότι το κεφάλαιο για την Ανατολική Μεσόγειο «έρχεται σε πλήρη αντίθεση με το διεθνές δίκαιο, την πρακτική, ακόμη και το κεκτημένο της ΕΕ» και «είναι αποσυνδεδεμένο από την πραγματικότητα». Σύμφωνα με την τουρκική πλευρά, ένα κείμενο όπως αυτό που «αποτυγχάνει να δείξει τη σωστή κατεύθυνση» δεν μπορεί να λειτουργήσει ως «πυξίδα», ούτε μπορεί να ονομαστεί «στρατηγικό».

Στην ανακοίνωσή του το τουρκικό ΥΠΕΞ προειδοποιεί μάλιστα ότι το έγγραφο «θα καταστήσει την ΕΕ μέρος του προβλήματος και όχι της λύσης στην Ανατολική Μεσόγειο» απομακρύνοντας την από τις «σωστές στρατηγικές», ενώ υποστηρίζει ότι λαμβάνοντας υπόψη και τις τελευταίες εξελίξεις «είναι ατυχές και μη οραματικό για την ΕΕ το γεγονός ότι το έγγραφο αγνοεί την αλήθεια και την πραγματικότητα και βλέπει μια υποψήφια χώρα και έναν σύμμαχο στο ΝΑΤΟ από μια τόσο ρηχή προοπτική».