Το κεφάλαιο που απέκτησε στα γήπεδα ο Πελέ το επένδυσε σε επιχειρήσεις, στις δημόσιες σχέσεις και την πολιτική. Το όνομά του ενεπλάκη σε αρκετά οικονομικά σκάνδαλα, αλλά πάντοτε ένα αόρατο χέρι τον έβγαζε από τη δύσκολη θέση. Το 2001 αποκαλύφθηκε σκάνδαλο διαφθοράς με τη UNICEF, το οποίο είχε λάβει χώρα έξι χρόνια νωρίτερα. Μία από τις εταιρείες του Πελέ έλαβε εκείνη τη χρονιά 700.000 δολάρια από τον διεθνή οργανισμό για να διοργανώσει ποδοσφαιρικό αγώνα στην Αργεντινή για φιλανθρωπικό σκοπό. Το παιχνίδι δεν διεξήχθη ποτέ, αλλά τα χρήματα δεν επεστράφησαν. Ο Πελέ δήλωσε άγνοια για το θέμα. «Η Αυτού Μεγαλειότης Πελέ δεν είναι πλέον ο αδιαμφισβήτητος βασιλιάς» είχε γράψει η εφημερίδα «Jornal do Brasil».

Ο Σέρτζιο Σαβιέρ Φίλιο, διευθυντής του ποδοσφαιρικού περιοδικού «Placar» και συγγραφέας ενός εκ των βιβλίων του Πελέ, είχε δηλώσει πως η πτώση του βασιλιά του ποδοσφαίρου ήταν συναισθηματικά δύσκολη για τους συμπατριώτες του. «Οι Βραζιλιάνοι έκαναν πάντοτε το λάθος να θέλουν από τον Πελέ να είναι το ίδιο πρόσωπο στις επιχειρήσεις και την πολιτική που ήταν ως παίκτης. Μας είναι πολύ δύσκολο να αποδεχτούμε πως δεν είναι τίποτα παραπάνω από ένας ποδοσφαιριστής – εντάξει, ο καλύτερος του κόσμου -, αλλά εξακολουθεί να είναι ένας ποδοσφαιριστής με περιορισμούς».

Η αθλητική εφημερίδα «Lance» είχε αποκαλύψει πως πολλά από τα συμβόλαια που υπέγραφε το Μαύρο Διαμάντι είχαν παραποιημένα στοιχεία. Τον προέτρεπε δε να εγκαταλείψει αυτές τις δραστηριότητες όσο γίνεται πιο γρήγορα, γιατί τα 170 εκατομμύρια Βραζιλιάνων θαυμαστών του θα έπεφταν σε κατάθλιψη.

Η κόντρα με τον Ντιέγκο

Οι καταγγελίες και οι αποκαλύψεις δεν τον εμπόδισαν πάντως να τιμηθεί από τα Ανάκτορα του Μπάκιγχαμ, τα Ηνωμένα Εθνη, το BBC και να αναδειχτεί από τη ΔΟΕ κορυφαίος αθλητής του 20ού αιώνα και από τη FIFA κορυφαίος ποδοσφαιριστής, παρά το γεγονός ότι ο κόσμος ψήφισε τον Ντιέγκο Μαραντόνα.

Πελέ και Μαραντόνα πούλησαν σε υψηλές τιμές την αέναη αντιπαράθεσή τους για το ποιος είναι ο καλύτερος συμμετέχοντας σε διάφορα σόου που τους μετέτρεπαν σε ζογκλέρ και καρικατούρες.

Σε μία από τις χαρακτηριστικές ατάκες τού Μαραντόνα ο Αργεντινός αναρωτήθηκε: «Ποιος νοιάζεται για όσα λέει; Ανήκει σε μουσείο».

Τα προβλήματα υγείας

Τα σοβαρά προβλήματα υγείας του Πελέ ξεκίνησαν από τα χρόνια που αγωνιζόταν ακόμα στις Ηνωμένες Πολιτείες. Είχε υποβληθεί σε επέμβαση αφαίρεσης νεφρού, το οποίο αποκαλύφθηκε πολλά χρόνια μετά, όταν εισήχθη σε νοσοκομείο με ουρολοίμωξη που τον έστειλε στην Εντατική.

Αργότερα υποβλήθηκε σε επέμβαση στον προστάτη, αλλά και σε αποτυχημένη αντικατάσταση ισχίου. Τα τελευταία χρόνια δεν μπορούσε να μετακινηθεί χωρίς βοήθεια, ενώ στις ελάχιστες δημόσιες εμφανίσεις του, όπως αυτή στην κλήρωση της τελικής φάσης του Μουντιάλ 2018, παρουσιάστηκε καθηλωμένος σε αμαξίδιο.

Τον Σεπτέμβριο του 2021 διεγνώσθη με καρκίνο του παχέος εντέρου. Υποβλήθηκε σε επέμβαση και στη συνέχεια σε χημειοθεραπείες. Στις 29 Νοεμβρίου εισήχθη εσπευσμένα στο νοσοκομείο «Αλμπερτ Αϊνστάιν» με πρήξιμο σε όλο του το σώμα, καρδιακή ανεπάρκεια και διαγνωστική σύγχυση. Εγινε τότε γνωστό πως ο οργανισμός του δεν ανταποκρίθηκε στη χημειοθεραπεία και ο καρκίνος έκανε μετάσταση στους πνεύμονες και το ήπαρ. Το μόνο που μπορούσαν να κάνουν οι γιατροί ήταν να του παράσχουν φαρμακευτική αγωγή για να ανακουφιστεί από τους πόνους στο πλαίσιο παρηγορητικής φροντίδας, η οποία παρέχεται σε ασθενείς που βρίσκονται στο τελευταίο στάδιο της ζωής τους.