Σε σκοπιμότητες αποδίδει την ποινική του εμπλοκή στην υπόθεση της Κιβωτού του Κόσμου ο πατέρας Αντώνιος, ο οποίος μέσω των πληρεξούσιων δικηγόρων του κατέθεσε πολυσέλιδο υπόμνημα παροχής εξηγήσεων στην εισαγγελέα που διενήργησε την προκαταρκτική έρευνα αρνούμενος τις σε βάρος του καταγγελίες για σεξουαλική και σωματική κακοποίηση υποστηρίζοντας ότι πρόκειται για προκλητικά και αυταπόδεικτα ψεύδη.

Στο υπόμνημα παροχής εξηγήσεων που υπέβαλε μέσω των δικηγόρων του Θρασύβουλου Κονταξή, Γιάννη Κώτσου και Τάσου Τριανταφύλλου ο ποινικά ελεγχόμενος ιερέας χαρακτηρίζει «προκλητικά και αυταπόδεικτα ψευδείς και αυτοαναιρούμενες» τις σε βάρος του καταγγελίες.

Αυτές οι «ψευδείς» καταγγελίες, σύμφωνα με τη θέση του πατέρα Αντωνίου, αποτέλεσαν τη βάση για να συνταχθούν αόριστα «κατηγορητήρια», χωρίς καν ειδικότερη περιγραφή των απαιτούμενων περιστάσεων, (τρόπου, χρόνου, μεθόδου), παρά την προφανή αντιφατικότητά τους.

Και προσθέτει ότι η ανύπαρκτη, όπως τη χαρακτηρίζει, ποινική υπόθεση επιχειρείται να στηριχθεί σε κραυγαλέες αναλήθειες, φήμες, διαδόσεις, ψευδή και κατασκευασμένα δημοσιεύματα, με τη σύμπραξη καλοθελητών, που εποφθαλμιούν το έργο της Κιβωτού του Κόσμου.

Μετά την υποβολή του υπομνήματος και από τον πατέρα Αντώνιο, η εισαγγελέας που διενήργησε την έρευνα θα αποτιμήσει το σύνολο του αποδεικτικού υλικού για τον πατέρα Αντώνιο και τους άλλους επτά υπόπτους προκειμένου να αποφασίσει τις επόμενες ημέρες για το αν και πόσα από τα πρόσωπα που κλήθηκαν με την ιδιότητα του υπόπτου θα βρεθούν στο επόμενο στάδιο με την ιδιότητα του κατηγορούμενου.