Μία διεκδίκηση των άθεων είναι η απαλλαγή των παιδιών τους από το μάθημα των Θρησκευτικών. Σύμφωνα με τον Γιώργο Καλαντζή, «ετησίως περίπου το 1% των μαθητών όλων των εκπαιδευτικών βαθμίδων, δηλαδή περίπου 10.000 μαθητές, λαμβάνει απαλλαγή από το μάθημα των Θρησκευτικών». Για τον Γ. Καλαντζή, «η δυνατότητα απαλλαγής των μαθητών από το μάθημα των Θρησκευτικών αποτελεί αναφαίρετο δικαίωμά τους το οποίο εδράζεται στο άρθρο 13 του Συντάγματος και στην ΕΣΔΑ. Η απόφαση 1749/2022 του ΣτΕ ορίζει ότι όλοι όσοι δεν είναι χριστιανοί ορθόδοξοι έχουν δικαίωμα πλήρους απαλλαγής από το μάθημα των Θρησκευτικών εφ όσον υποβάλλουν αίτηση ότι δεν επιθυμούν, για λόγους θρησκευτικής συνείδησης, να το παρακολουθήσουν».

Κατά τον Βασίλη Σωτηρόπουλο: «Το ΣτΕ σε μια σειρά αποφάσεών του έχει κρίνει ότι το μάθημα των Θρησκευτικών πρέπει να είναι ομολογιακό, δηλαδή χριστιανικό ορθόδοξο, λόγω της πλειοψηφίας των μαθητών και ότι οι μαθητές που δεν είναι χριστιανοί ορθόδοξοι έχουν δικαίωμα να λαμβάνουν απαλλαγή, επικαλούμενοι λόγους θρησκευτικής συνείδησης».

Για τον Β. Σωτηρόπουλο, η κρίση του ΣτΕ εμπεριέχει ένα θεμελιώδες λάθος: «Καθώς η συνταγματική διάταξη στην οποία βασίζει την κρίση του ορίζει ότι «η παιδεία αποτελεί βασική αποστολή του κράτους και έχει σκοπό την ηθική, πνευματική, επαγγελματική και φυσική αγωγή των Ελλήνων, την ανάπτυξη της εθνικής και θρησκευτικής συνείδησης και τη διάπλασή τους σε ελεύθερους και υπεύθυνους πολίτες». Βλέπετε πουθενά σε αυτή τη διατύπωση να καθιερώνεται κάποια συνταγματική υποχρέωση των χριστιανών ορθόδοξων μαθητών να παρακολουθούν ομολογιακό χριστιανικό μάθημα Θρησκευτικών στο σχολείο;  Οχι, γιατί το Σύνταγμα εδώ καθιερώνει μια υποχρέωση της Πολιτείας να αναπτύσσει τη θρησκευτική συνείδηση μέσω της παιδείας, η οποία είναι δικαίωμα του μαθητή και όχι υποχρέωσή του. Το ΣτΕ αντιστρέφει τους όρους, κρίνοντας ότι την υποχρέωση την έχουν οι μαθητές! Κανένας μαθητής δεν έχει υποχρέωση να “αναπτύξει τη θρησκευτική συνείδησή του”, όπως θέλει το κράτος, άποψη με τη οποία συντάχθηκε και το Ευρωπαϊκό Δικαστήριο δικαιώνοντας τις οικογένειες που προσέφυγαν σε αυτό».

Ο Β. Σωτηρόπουλος περιγράφει πιο αναλυτικά τις υποθέσεις που χειρίστηκε: «Εκπροσώπησα τις δύο οικογένειες που προσέφυγαν το 2018 στο Ευρωπαϊκό Δικαστήριο των Δικαιωμάτων του Ανθρώπου και κέρδισαν την καταδίκη της Ελλάδας επειδή υποχρέωνε να δηλώνουν ότι τα παιδιά τους δεν είναι χριστιανοί ορθόδοξοι, ως προϋπόθεση για να λάβουν απαλλαγή από το μάθημα των Θρησκευτικών. Εκπροσώπησα επίσης περίπου δέκα οικογένειες που προσέφυγαν στο Συμβούλιο της Επικρατείας και κέρδισαν την αφαίρεση του πεδίου “θρήσκευμα” από τα απολυτήρια και τα πιστοποιητικά του Γυμνασίου και του Λυκείου. Στο Συμβούλιο της Επικρατείας κέρδισαν επίσης οι οικογένειες που υποστήριξαν ότι και ο νέος τρόπος απαλλαγής από το μάθημα των Θρησκευτικών δεν γινόταν σύμφωνα με τη νομοθεσία για την προστασία προσωπικών δεδομένων, με αποτέλεσμα να κληθεί η σχετική ανεξάρτητη αρχή να γνωμοδοτήσει. Στο Ευρωπαϊκό Δικαστήριο εκκρεμεί επίσης η προσφυγή της Ενωσης Αθέων για την παρουσίαση της αθεΐας στο βιβλίο των Θρησκευτικών της Β΄ Λυκείου, καθώς και για τις αναρτημένες θρησκευτικές εικόνες στις δικαστικές αίθουσες του Συμβουλίου της Επικρατείας».