Οι «παράγοντες κινδύνου» δεν είναι επαρκώς στοχευμένοι στο είδος και το μέγεθος των επιχειρήσεων· δεν διασφαλίζεται η αντιμετώπιση κατά ισοδύναμο τρόπο του κινδύνου φοροδιαφυγής απ’ όλες τις ελεγκτικές υπηρεσίες.

Οι ελεγκτικές υπηρεσίες μεταβάλλουν, με στερεοτυπικές αιτιολογίες, τον πίνακα προτεραιοποίησης προτάσσοντας τις εκκρεμείς υποθέσεις τους, τους υποχρεωτικούς ελέγχους και τις υπό παραγραφή περιπτώσεις.

Δεν έχουν θεσπιστεί κανόνες ούτε υφίστανται επαρκείς δικλίδες που να εξασφαλίζουν την αιτιολόγηση της παράκαμψης των ελέγχων που περιλαμβάνονται στον πίνακα προτεραιοποίησης.

Διαπιστώθηκε η παροχή ευρύτατης διακριτικής ευχέρειας στις ελεγκτικές υπηρεσίες για την επιλογή των υποθέσεων που θα ελεγχθούν, ώστε να μη διασφαλίζεται ισότητα μεταχείρισης σε όλη την επικράτεια των φορολογουμένων.

Οι έλεγχοι που διενεργούνται για την υλοποίηση του πίνακα των προτεραιοποιημένων υποθέσεων δεν είναι εστιασμένοι μόνο στον συγκεκριμένο κίνδυνο φοροδιαφυγής που αξιολογήθηκε προηγουμένως.

Δεν έχει θεσπισθεί κεντρικά ένα αυστηρό πλαίσιο για την υλοποίηση των ελεγκτικών ενεργειών από τις επιμέρους υπηρεσίες.

Δεν εντοπίστηκε διαδικασία αξιολόγησης a posteriori της αποτελεσματικότητας των «παραγόντων κινδύνου» που έχουν θεσπιστεί για την επιλογή των υποθέσεων που θα ελεγχθούν.

Το σύστημα διασφάλισης των ικανοτήτων του ελεγκτικού προσωπικού χρήζει διαρκούς ανάπτυξης.

Το σύστημα διασφάλισης της ακεραιότητας στον φοροελεγκτικό μηχανισμό εμφανίζει αδυναμίες.